Sequenciamento 101: A célula SMRT no PacBio longa

Se você já clicou no site da PacBio ou participou de um workshop ou webinar discutindo a tecnologia de sequenciamento de leitura longa da PacBio, provavelmente já viu ou ouviu falar sobre células SMRT (molécula única, tempo real). Essas pequenas, mas vitais peças de tecnologia estão no centro do sequenciamento HiFi (alta fidelidade), uma das tecnologias de sequenciamento de genoma de leitura longa mais avançadas do mundo. Mas o que é exatamente uma célula SMRT e o que ela pode fazer? Vamos dar uma olhada!

Uma célula SMRT é um pequeno dispositivo consumível que tem aproximadamente o tamanho e a forma de um chip de computador onde a química doSequenciamento HiFiocorre em instrumentos de sequenciamento de leitura longa PacBio.

Antes do sequenciamento, as células SMRT são carregadas no instrumento de sequenciamento de leitura longa PacBio, da mesma forma que você carregaria um cartucho de tinta em uma impressora. A superfície interna plana da célula SMRT contém numerosas perfurações ou poços em escala nanométrica chamados guias de ondas de modo zero (ZMWs). Depois que as moléculas de amostra de DNA se difundem dentro dos ZMWs, o sequenciamento começa e o DNA é visualizado em tempo real usando óptica poderosa e de última geração.

A designação do número “M” indica quantos milhões de ZMWs existem naquela célula SMRT. Uma célula SMRT 8M contém 8 milhões de ZMWs; a célula SMRT Revio “25M” contém 25 milhões de ZMWs e assim por diante. Quanto mais densamente compactados os ZMWs estiverem dentro da célula SMRT, mais moléculas podem ser sequenciadas de uma só vez, o que acelera o tempo de sequenciamento e reduz o custo de análise de amostras. No entanto, a quantidade de ZMWs em uma célula SMRT não indica necessariamente o número exato de leituras que podem ser obtidas em uma execução de sequenciamento. Por exemplo, durante o sequenciamento completo do genoma (WGS), o número de leituras HiFi geradas por célula SMRT às vezes é menor que o número de ZMWs disponíveis. Ao mesmo tempo, o número de leituras geradas usando kits de concatenação molecular (por exemplo, MAS-Seq) pode ser mais que o triplo do número de ZMWs (por exemplo, 80 milhões de leituras de uma célula SMRT Revio “25M”). As métricas de rendimento apresentadas para instrumentos de leitura longa PacBio consideram esta faixa de saída de dados.

Atualmente, a célula SMRT mais poderosa da linha PacBio é a célula SMRT Revio, usada exclusivamente no novo sistema Revio de alto rendimento. Com 25 milhões de ZMWs na célula SMRT Revio, você pode gerar dados de leitura longa revolucionários para uma variedade de aplicações usando apenas uma dessas pequenas e poderosas peças de tecnologia.

As capacidades de apenas uma célula Revio SMRT incluem:

Estes são apenas alguns exemplos dos tipos de estudos que podem ser realizados com uma única célula Revio SMRT. Tenha em mente que um sistema Revio totalmente carregado pode aceitar 8 dessas novas células SMRT por vez e pode analisar até 4 de uma vez – portanto, as possibilidades de sequenciamento são tremendas!

Nada mesmo! As células SMRT vêm prontas para uso. Basta carregar as células SMRT em seu instrumento de leitura longa PacBio seguindo os protocolos apropriados (juntamente com pontas de pipeta e placas de amostra) e você estará pronto para iniciar o sequenciamento!

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